医院科室设置齐全，设有内科（普通内科、心血管内科、神经内科、呼吸内科、内分泌科）、外科（普通外科、普胸外科、泌尿外科、神经外科）、骨科、痔瘘科、妇产科、儿科、疼痛科、感染病科、眼科、口腔科、麻醉科、皮肤科、急诊科、中医科、全科医学科、检验科、医学影像科、药械科、体检中心、预防保健科等。我院痔瘘科、中医科被评为淮南市市级临床重点专科。其中痔瘘科是我市痔瘘肛肠专业龙头科室，并于1987年批准内设淮南市痔瘘专科医院，同时设置淮南市肛肠病研究所。